省林草种质资源中心正高级工程师刘丹课题组破解野生玫瑰首个T2T无间隙参考基因组并揭示调控花色素合成的转录因子

　　蔷薇属植物是世界上最受欢迎和栽培最广泛的观赏植物之一。野生玫瑰（Rosa rugosa）是国家重点保护野生植物，隶属于蔷薇科蔷薇属。先前发布的玫瑰基因组都有大量未确定或缺失的区域，这阻碍了玫瑰的功能基因组学和遗传改良的研究。

　　2024年9月，Horticultural Plant Journal在线发表了正高级工程师刘丹课题组题为： Telomere-to-telomere, gap-free assembly of the Rosa rugosa reference genome 的研究论文，该研究全球首次测序、组装和注释了野生玫瑰的高度连续、完全、端粒到端粒（T2T）参考基因组，鉴定了基因组上的rDNA、端粒及着丝粒序列，为野生玫瑰种质资源的遗传评价和种质创新奠定坚实基础，也为野生玫瑰的遗传学和育种学提供了重要资源。

　　该研究使用PacBio HiFi、ONT ultra-long和Hi-C测序数据，对野生玫瑰进行了端粒到端粒（T2T）的从头组装，结果显示玫瑰参考基因组长度为444.55 Mb，含有34,109个蛋白质编码基因。

　　课题组结合多个已发布基因组构建了系统发育树。系统发育树表明，野生玫瑰和月季起源于同一祖先，约550万年前分化为两个物种。

　　基于该T2T基因组，课题组进一步注释了花青素合成通路基因，揭示了潜在调控花青素生物合成的转录因子。

　　正高级工程师刘丹为该论文的第一作者，高级工程师刘鵾、正高级工程师仝伯强为论文的共同第一作者，解孝满研究员为该文的通讯作者，北京林业大学、南京林业大学、中国科学院、瑞典于默奥大学、山东省农业科学院等单位参与了本研究。该研究获得国家林业和草原局野生植物保护管理项目(2020070316，2021070307)、山东省重点研发计划(重大科技创新工程)项目“林木种质资源挖掘与精准鉴定”（2021LZGC023）等项目的资助。

　　Horticultural Plant Journal是农林科学1区Top期刊，是中国园艺学会、中国农业科学院蔬菜花卉研究所、中国农业科学技术出版社有限公司共同主办的国际顶级学术期刊，主要刊登园艺作物种质资源、遗传育种、栽培技术、生理生化、基因组学、生物技术、植物保护、采后处理与利用等领域的原创研究文章。该期刊最新影响因子5.7，位于中科院大类学科1区，小类学科园艺1区，农林科学1区期刊。（省林草种质资源中心）

　　玫瑰基因组特征

　　玫瑰基因组中着丝粒、端粒和DNA的特征分析

　　系统发育树

　　花青素合成通路及其调控网络